Pour remplir sa mission, l’Académie organise une grande diversité d’activités portant sur des thèmes qui intéressent directement les pays d’outre-mer ou encore qui traitent de sujets plus globaux (par exemple l’eau, la désertification, le réchauffement global, …).
Une caractéristique essentielle de ces activités, qui différencie l’Académie des sociétés savantes ou d’autres organismes et fait son originalité, est son interdisciplinarité.
Les manifestations que l’Académie organise peuvent être soit ouvertes au public (congrès, conférences, colloques, symposiums, journées d’étude, expositions, …), soit réservées à ses membres. Ceux-ci se réunissent en effet chaque mois lors de séances de Classe. Des communications et des comptes rendus de missions y sont présentés, soit par des membres, soit par des orateurs invités. Les textes des exposés sont publiés dans le Proceedings of the Royal Academy for Overseas Sciences, moyennant approbation de la Classe concernée.
Des Commissions, constituées de manière permanente, regroupent certains membres par centre d’intérêt. Citons la Commission de la Biographie belge d’Outre-Mer, chargée de la publication d’un ensemble de recueils de notices biographiques consacrées à des Belges ou étrangers ayant œuvré outre-mer et ayant contribué au renom de la Belgique, ainsi que le Comité Fontes Historiae Africanae chargé de la publication d’ouvrages à caractère historique sur l’Afrique.
D’autres commissions telles la Commission Environnement et Développement et la Commission Stratégies et Développement abordent les grandes interrogations du monde contemporain, entre autres le développement durable, la pauvreté, la désertification, l’urbanisation, les forêts tropicales ou encore la nutrition.
Outre les publications dont il est fait mention ci-dessus, l’Académie publie des Actes et des Mémoires. Les Actes résultent de l’organisation d’activités publiques tels les colloques, congrès et conférences. Quant aux Mémoires, ce sont des monographies parmi lesquelles on retrouve notamment les travaux couronnés dans le cadre d’un concours annuel ou par un des prix de l’Académie.
L’Académie décerne en effet divers prix scientifiques. Chaque Classe met annuellement au concours deux questions sur les matières dont elle s’occupe. Les auteurs des ouvrages primés portent le nom de « Lauréat de l’Académie Royale des Sciences d’Outre-Mer ».
Six prix sont actuellement décernés par l’Académie.
Le prix Lucien Cahen, destiné à récompenser l’auteur d’un mémoire de haute valeur scientifique sur un sujet relevant des sciences géologiques de l’outre-mer, le prix Jean-Jacques et Berthe Symoens, attribué à un travail portant sur la limnologie tropicale, le prix Fernand Suykens couronnant un ouvrage consacré à l’économie, à la gestion ou à la technique portuaire dans les pays en développement, le prix Yola Verhasselt, décerné à un travail de terrain portant sur la géographie tropicale, qui se présente sous forme d'une bourse de voyage destinée à financer un séjour outre-mer. Le Prix Professeur Romain Yakemtchouk récompense l’auteur d’une thèse de doctorat sur un sujet relevant des relations internationales ou de la problématique de la paix avec un accent particulier sur les pays d’outre-mer. Dernier-né, le Prix Marthe Engelborghs-Bertels de Sinologie couronnera tous les 5 ans un mémoire de haute valeur scientifique sur un sujet relatif à la Chine en général.
Le Fonds Floribert Jurion a pour objet de contribuer à la formation des futurs agronomes ou médecins vétérinaires en facilitant un stage dans les pays du Tiers-Monde. Les bourses sont attribuées chaque année sur base de projets.
Centre de documentation de l'Académie a été transféré à la Bibliothèque royale de Bruxelles en 2018.
On y trouve des ouvrages et périodiques concernant les principales régions d’outre-mer. Ses collections qui sont le fruit de plusieurs dizaines d’années d’échanges avec plus de 150 institutions belges et étrangères, constituent des témoignages du passé, des références pour l’avenir.